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El 10 de marzo de 1861, la Convención Nacional Constituyente eligió como Presidente Constitucional al conservador guayaquileño Gabriel García Moreno al contar con casi todos los votos, menos uno dado a su principal opositor, el liberal guayaquileño Pedro Carbo. Además se redactó una nueva constitución que introdujo varios cambios en la organización del poder, y se declaró nulo el Tratado de Mapasingue.

García Moreno manifestó que su gobierno estaría compuesto de tres períodos: de reacción, de organización, y de consolidación. Tenía un posición religiosa muy arraigada, por lo cual tuvo firmeza en firmar con la Santa Sede un concordato el 26 de septiembre de 1862 entre el cardenal Giacomo Antonelli y el padre Arcediano Ordóñez. La firma del concordato daba a los obispos de textos escolares y la instrucción en escuelas, colegios y universidades; lo cual produjo rechazo en varias partes del país, especialmente en Guayaquil donde estaba más arraigado el laicismo, tras lo cual, se hicieron reformas debidas.

El primer período de García Moreno se vio amenazado por dos incursiones colombianas al territorio ecuatoriano, y una invasión desestabilizadora de marcistas preparada desde el Perú, en varias de estos conflictos contó con ayuda de Juan José Flores, falleciendo este en combate contra los marcistas que al final fueron derrotados. Al finalizar el primer período garciano, le sucedió en la presidencia Jerónimo Carrión con apoyo del propio Gracía Moreno en las elecciones. Debido a acusaciones por parte del Congreso de abusos de poder de miembros su gabinete, Carrión renunció al cargo en 1867. Juan Javier Espinosa sucedió en el poder a Carrión, pero duró poco tiempo debido a leves diferencias con García Moreno, que lo acusó de entablar relaciones con liberales y posteriormente se alzó en armas y se proclamó Jefe Supremo.

El segundo período de García Moreno inició en 1869 y promovió la proclamación de la VIII Constitución que entre sus principales enunciados contaba un período presidencial de seis años, reafirmación de la religión católica como exclusiva en el país negando la libertad de culto, facultad de allanamiento a domicilios en conmoción interna, y pena de muerte por delitos políticos. Hubo malestar general en el país, en especial por parte de los liberales del litoral. Según la constitución vigente, se celebró elecciones en 1875, las cuales ganó García Moreno al ser prácticamente el único candidato, con lo cual estaba asegurado su tercer período, sin embargo, el 6 de agosto de 1875 fue asesinado por parte del colombiano Faustino Lemus Rayo.